近年来，叶绿体基因组因其基因组小、突变率和重组率低而被广泛应用于植物系统发育、分子进化和系谱地理的研究。榕属作为桑科最大的属，是热带雨林中的关键种，但其系统发育关系仍需进一步研究。榕属植物具有多样的生态类型，对不同生境表现出高度的适应性。虽然近年来榕属植物叶绿体基因组的研究有所发展，但缺乏基于大样本量的全属水平上叶绿体基因组结构变异和系统进化的分析。

中国科学院西双版纳热带植物园协同进化研究组与吉林农业大学合作，对6个榕属亚属的24个叶绿体基因组进行了综合分析，揭示了基因组中的高变区和蛋白质编码基因的选择性进化模式。此外，基于已发表的40个榕属植物叶绿体基因组进行了系统发育分析和物种分化时间的估算。结果表明，榕属植物叶绿体基因组结构高度保守，鉴定出8个分化热点，为区分近缘种和种群水平的谱系地理分析提供了候选区域。3个蛋白编码基因(clpP，rbcL，ccsA)被正向选择，或帮助不同生活型的榕树适应不同的生境，而其他蛋白编码基因被纯化选择。同时，基于叶绿体基因组数据的系统发育树为解决榕属植物的系统发育问题提供了新的视角。叶绿体分化时间的估计类似于基于核基因的估计。它起源于约7450万年前，在中新世早期至中期迅速分化，与中新世早期全球变暖和中新世气候适宜相吻合。

相关研究成果发表在《植物科学前沿》上。该研究得到了中国科学院西部青年学者计划、云南省基础研究计划和国家的支持。

榕属植物叶绿体基因组进化树