体内谱系追踪在揭示组织发育和稳态的基本原理方面具有巨大的潜力。然而，目前人类谱系追踪依赖于极其罕见的体细胞突变，其具有有限的时间分辨率和谱系准确性。

2025年1月16日，西湖大学王寿文、李莉共同通讯在Nature Methods在线发表题为 High-resolution, noninvasive single-cell lineage tracing in mice and humans based on DNA methylation epimutations 的研究论文，该研究开发了一种用于谱系追踪的新型计算工具 MethylTree，该工具无需基因编辑，即可在小鼠和人类中地、以多组学的方式实现高分辨率、非侵入性的单细胞谱系追踪。

在这里，研究人员基于DNA甲基化的频繁表型突变开发了一种通用谱系追踪工具，通过MethylTree实现。使用具有已知谱系和表型标签的单细胞全基因组DNA甲基化数据集，MethylTree跨不同细胞类型、发育阶段和物种以接近100%的准确度重建了谱系历史。在小鼠和人类血液中证明了基于表突变的单细胞多体谱系追踪，其中甲基树再现了造血中的分化层级。将MethylTree应用于人类胚胎，揭示了四细胞阶段的早期命运承诺。在天然小鼠血液中，研究人员鉴定了约250个造血克隆。MethylTree为高分辨率、非侵入性和多染色体谱系追踪打开了大门。