来源：华南植物园2022-01-06 22:03

认知生物多样性的形成和维持机制，即群落建设，是生态学研究的核心问题。系统发育群落生态学将系统发育分析的方法融入到群落生态学的分析中，为探索群落生物多样性的演化和维持机制提供了新的视角。建立准确可靠的群落系统发育树是进行群落系统发育分析的前提和基础。低分辨率的群落系统发育树可能导致系统发育多样性指数估计的偏差，进而影响特定群落生态过程的推断。目前，社区系统树的构建者

认知生物多样性的形成和维持机制，即群落建设，是生态学研究的核心问题。系统发育群落生态学将系统发育分析的方法融入到群落生态学的分析中，为探索群落生物多样性的演化和维持机制提供了新的视角。建立准确可靠的群落系统发育树是进行群落系统发育分析的前提和基础。低分辨率的群落系统发育树可能导致系统发育多样性指数估计的偏差，进而影响特定群落生态过程的推断。目前，群落系统进化树的构建主要使用了Phylomatic、V . PhyloMaker等。生成目录合成树，或者基于第一代DNA条形码片段构建分子系统发育树。树合成法不需要采样、测序等步骤，成本较低，但结果中往往有很多分支。第一代DNA条形码树的物种分辨率相对较高，但同一物种数量较多的分辨率仍然有限。叶绿体作为第二代DNA条形码，可以有效提高物种分辨率，在重建某些特定类群的系统发育关系方面取得了较好的效果。然而，将叶绿体应用于群落水平研究的效果尚未得到检验。

中国科学院华南植物园分子生态学团队及其合作者基于中国森林监测网(CForBio)平台，利用V.PhyloMaker、第一代DNA条形码片段(matK rbcL trnH-psbA)和叶绿体基因组79个蛋白编码基因，分别构建了亚热带常绿阔叶林区6个大尺度动态监测样地580种木本植物的群落系统发育树，比较了不同建树方法对系统发育多样性指数和功能性状系统发育信号计算结果的影响。研究表明，利用叶绿体基因组作为第二代DNA条形码构建群落系统树明显优于第一代DNA条形码片段。以叶绿体基因组树为参照，与目录树相比，基于第一代DNA条形码树的功能性状的系统发育多样性指数和系统发育信号更为准确。建议在同种比例较高的群落中，尽可能使用分辨率较高的叶绿体基因组树，以获得更准确的指数计算和生态推断结果。

相关研究成果最近发表在《分子生态资源》杂志上。该研究得到了中国科学院战略试点科技项目(B类)和国家自然科学基金的支持，各监测平台的工作人员在标本采集和物种鉴定过程中提供了支持和帮助。(100yiyao.com)

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